Animationsfilmen ‘Pingvinerne fra Madagascar’ handler om spionerne Skipper, Rekrut, Rico og Kowalski. Godt nok er de pingviner, men de er fuldt ud på højde med en vis hr. Bond, når det kommer til agentarbejde.
Normalt klarer fuglene enhver opgave med effektivitet, opfindsomhed og ulastelig stil. Men nu står de over for den onde Dr. Octavius Brine, som har en gemen plan om at ødelægge verden, som vi kender den. Derfor slår Skipper og Co. sig sammen med en undergrundsorganisation under ledelse af den mest hemmelige af alle agenter. Pingvinerne og deres nye venner må nu samle alle kræfterne i kampen mod Dr. Brine.